法人が不動産を売却したときの法人税はいくら？計算方法・個人との違い・仕訳・節税対策まで完全解説【税額シミュレーション付き】

法人が不動産を売却して利益が出た場合、その利益は法人の他の事業所得と合算され、法人税等（法人税・法人住民税・法人事業税・地方法人税）の課税対象となります。

法人の実効税率は約30〜34%であるため、売却益1,000万円なら約300〜340万円の税負担が発生します。

個人の不動産売却は「分離課税」で所有期間に応じた税率（短期39.63%/長期20.315%）が適用されますが、法人は「総合課税」であり所有期間による税率の違いはありません。

この違いにより、所有期間5年超の不動産は個人の方が税率が低くなるケースがある一方、法人は他の事業損失と損益通算できるため、赤字の事業年度に売却すれば税負担を大幅に圧縮できるメリットがあります。

本記事では、法人の不動産売却にかかる法人税等の計算方法、個人との違いの横並び比較表、具体的な税額シミュレーション、売却時の仕訳方法、売却益を活用した節税対策5選まで網羅的に解説します。

この記事の要点

• 法人の不動産売却益は他の事業所得と合算して法人税等（実効税率約30〜34%）の課税対象になる
• 個人は分離課税（長期20.315%/短期39.63%）だが、法人は所有期間で税率は変わらない。ただし法人は損益通算が可能
• 帳簿価額（簿価）と売却価格の差が譲渡益/損。建物は減価償却で簿価が下がるため、売却価格が下がっていても譲渡益が出る場合あり

法人が不動産を売却したときにかかる税金の種類

法人税等4税（法人税・法人住民税・法人事業税・地方法人税）

法人が不動産を売却して利益が出た場合、その利益は法人の事業年度の所得全体に合算され、以下の4つの税金が課されます。

• 法人税（国税）：課税所得×15%〜23.2%（参照：国税庁｜No.5759 法人税の税率）
• 地方法人税（国税）：法人税額×10.3%
• 法人事業税（地方税）：課税所得×3.5〜7.0%（中小法人、3段階）
• 法人住民税（地方税）：法人税割（法人税額×約7%）＋均等割

これらを合算した法人実効税率は約30〜34%です。不動産売却益も通常の事業利益と同じ税率で課税される点が法人の特徴です。

消費税（建物の売却は課税対象、土地は非課税）

不動産のうち建物の売却は消費税の課税対象（10%）ですが、土地の売却は非課税です。土地は「権利の移転」とみなされ消費税がかかりませんが、建物は「付加価値を生む取引」として課税されます。

免税事業者を除き、建物の売却に伴う消費税は売主である法人が国に納付する義務があります。

印紙税（売買契約書に対して課税）

不動産の売買契約書には印紙税が課されます。売買価格に応じて1,000円〜48万円の収入印紙を貼付します。2027年3月31日までに作成される契約書には軽減税率が適用されます。

重課税制度（土地等の譲渡益に対する追加課税）は2026年3月まで停止中

法人が土地等を売却した場合、法人税に加えて追加課税（重課）が課される制度がありますが、この制度は2026年3月31日まで停止されています（参照：国税庁｜法人の土地等の譲渡益に対する追加課税）。

停止措置が延長されなければ2026年4月以降は復活する可能性があるため、今後の動向に注意が必要です。重課の税率は短期譲渡所得（所有期間5年以下）で10%、長期譲渡所得（5年超）で5%です。

法人の不動産売却益の計算方法

譲渡益＝売却価格−帳簿価額−譲渡費用

法人の不動産売却益（固定資産売却益）は以下の計算式で求めます。

譲渡益 ＝ 売却価格 − 帳簿価額（簿価） − 譲渡費用

譲渡費用には、不動産会社への仲介手数料、測量費、契約書の印紙代、建物の取壊し費用などが含まれます。

帳簿価額（簿価）とは？建物は減価償却で簿価が低下する

帳簿価額とは、法人の貸借対照表に記載されている不動産の現時点での簿価です。土地は取得時の金額がそのまま簿価になりますが、建物は毎期の減価償却により簿価が低下します。

売却価格が購入時より下がっても譲渡益が出るケース

建物は減価償却により簿価が大幅に低下するため、売却価格が購入時より下がっていても簿価との差額で譲渡益が発生するケースがあります。

【例】建物を5,000万円で取得し、減価償却累計額が3,500万円の場合、簿価は1,500万円。

この建物を3,000万円で売却すると、売却価格3,000万円−簿価1,500万円＝譲渡益1,500万円が発生します。

購入時より2,000万円低い価格で売却しても、法人税の課税対象となる譲渡益が出る点に注意してください。

法人税額の計算：譲渡益は他の事業所得と合算して法人税率を適用

法人の不動産売却益は、事業利益や受取利息などの他の収益と合算されます。合算後の課税所得全体に法人税率が適用されるため、不動産売却益だけを分離して計算することはできません。

これが個人の「分離課税」との最大の違いです。

【比較表】法人vs個人の不動産売却の税金の違い（10項目）

法人と個人の不動産売却の横並び完全比較表

比較項目	法人	個人
課税方式	総合課税（他の所得と合算）	分離課税（他の所得と合算しない）
税率	実効税率約30〜34%（所有期間で変わらない）	長期20.315%/短期39.63%（所有期間で変動）
所有期間の影響	税率に影響しない	5年超（長期）/5年以下（短期）で税率が大きく異なる
損益通算	可能（事業損失と相殺可）	原則不可（不動産の譲渡損は他の所得と相殺できない）
経費の範囲	全事業の経費を合算して所得を圧縮可能	取得費＋譲渡費用のみ
特別控除	原則なし（3,000万円控除等は個人のみ）	居住用3,000万円控除・軽減税率の特例等あり
帳簿価額の扱い	貸借対照表の簿価（減価償却後）を使用	取得費（減価償却費相当額を控除）を使用
消費税	建物の売却に消費税10%が課税	事業用建物は課税、マイホームは非課税
赤字時の扱い	売却損を他の事業利益と損益通算可能	売却損は原則他の所得と損益通算不可
売却日の選択	引渡日基準or契約日基準を選択可	引渡日基準or契約日基準を選択可

最大の違い①：法人は総合課税、個人は分離課税

法人の不動産売却益は事業の利益と合算して一括課税されます。個人は不動産の譲渡所得を他の所得と分離して計算します（参照：国税庁｜No.3202 譲渡所得の計算のしかた（分離課税））。

最大の違い②：法人は所有期間で税率が変わらない、個人は変わる

個人は所有期間5年超の長期譲渡所得で20.315%、5年以下の短期譲渡所得で39.63%と大きな差があります。

法人は所有期間に関係なく実効税率約30〜34%が適用されます。そのため、5年超の不動産は個人の方が税率が低く有利になるケースが多いです。

最大の違い③：法人は損益通算が可能、個人は原則不可

法人は不動産の売却益を他の事業損失と損益通算できます。赤字の事業年度に不動産を売却すれば、売却益と事業損失を相殺して税負担を圧縮できます。

個人は不動産の譲渡損を給与所得や事業所得と損益通算することは原則としてできません。

最大の違い④：法人は個人向けの特別控除が使えない

個人には「居住用財産を譲渡した場合の3,000万円特別控除」「所有期間10年超の居住用財産の軽減税率の特例」「特定の事業用資産の買換え特例」など、不動産売却に使える税制優遇が多数あります。

しかし、これらのほとんどは個人を対象とした制度であり、法人は適用できません。

【シミュレーション】法人と個人で不動産売却の税額はいくら違う？

条件設定

取得価額5,000万円の不動産（土地3,000万円＋建物2,000万円）を8,000万円で売却。所有期間10年。建物の減価償却累計額1,000万円（簿価1,000万円）。譲渡費用300万円。

譲渡益 ＝ 8,000万円 −（土地3,000万円＋建物簿価1,000万円）− 300万円 ＝ 3,700万円

法人の場合の税額シミュレーション（実効税率約30%で計算）

項目	金額
不動産売却益	3,700万円
他の事業所得との合算後の課税所得	3,700万円（他の事業所得をゼロと仮定）
法人税等（実効税率約30%）	約1,110万円

個人の場合の税額シミュレーション（長期譲渡所得20.315%で計算）

項目	金額
譲渡所得	3,700万円
特別控除（居住用3,000万円控除を適用）	▲3,000万円
課税譲渡所得	700万円
譲渡所得税＋住民税（20.315%）	約142万円

法人と個人の税額比較と判断基準

	法人	個人（3,000万円控除適用）
税額	約1,110万円	約142万円
差額	約968万円（個人の方が有利）

この例では個人の方が圧倒的に有利です。ただし、個人は事業損失との損益通算ができません。

法人が赤字で他の事業損失が3,000万円ある場合は、損益通算により課税所得が700万円に圧縮され、法人税等は約210万円に抑えられます。

法人が有利か個人が有利かは、他の所得・損失の状況によって大きく変わります。

不動産売却時の仕訳方法

売却益が出た場合の仕訳（固定資産売却益の計上）

簿価1,000万円の土地を1,500万円で売却した場合の仕訳です。

借方	金額	貸方	金額
普通預金	15,000,000	土地	10,000,000
		固定資産売却益	5,000,000

売却損が出た場合の仕訳（固定資産売却損の計上）

簿価1,000万円の土地を800万円で売却した場合の仕訳です。

借方	金額	貸方	金額
普通預金	8,000,000	土地	10,000,000
固定資産売却損	2,000,000

建物を売却した場合の減価償却累計額の消し込み

取得価額2,000万円・減価償却累計額1,000万円（簿価1,000万円）の建物を1,800万円（税抜）で売却した場合の仕訳です。

借方	金額	貸方	金額
普通預金	19,800,000	建物	20,000,000
減価償却累計額	10,000,000	固定資産売却益	8,000,000
		仮受消費税	1,800,000

※建物の売却に伴う消費税（1,800万円×10%＝180万円）を仮受消費税として計上。

消費税の仕訳（建物の売却に係る消費税）

建物の売却には消費税10%が課税されます。土地は非課税です。建物と土地を一括で売却した場合は、合理的な方法で建物と土地の価格を按分し、建物部分にのみ消費税を計算します。

法人の不動産売却時の注意点

低額譲渡のリスク（役員・関係者への売却は時価が原則）

法人が役員や関係者に不動産を時価より著しく低い価格で売却した場合、税務上は時価で売却したものとみなされます。

時価と売却価格の差額は「役員賞与」として扱われ、法人側では損金不算入、役員側では所得税が課されるため、法人・役員双方で税負担が増加する結果になります。

役員や関係者に不動産を売却する場合は、事前に不動産鑑定士の鑑定評価書を取得し、その金額に基づいて取引を行うことで税務上のリスクを回避できます。

売却日の選択（引渡日基準vs契約日基準）

法人の不動産売却における利益の確定日（売却日）は、原則として「不動産の引渡日」ですが、法人の選択により「売買契約の締結日」を売却日とすることも認められています。

この選択により、売却益が計上される事業年度を調整できる場合があります。

決算期との関係（翌期に売却を繰り越すことで税負担を調整）

不動産売却益は計上される事業年度の所得に合算されるため、売却のタイミングが法人税額に直接影響します。

たとえば、当期は事業利益が大きく所得が高い場合、不動産の売却を翌期に繰り越すことで当期の法人税を抑え、翌期に売却益が計上される際に他の損失と相殺するという戦略が考えられます。

逆に、当期に大きな損失（退職金支給・不良資産処分等）が発生する見込みがあれば、同じ期に不動産を売却することで売却益と損失を損益通算し、税負担を圧縮できます。

建物の消費税が高額になるケースへの対応

建物の売却価格が高額な場合、消費税も高額になります。

たとえば建物を5,000万円（税抜）で売却すると消費税は500万円です。

この消費税は原則として売却した事業年度に国に納付する必要があるため、資金繰りに影響を与えます。納付時期を考慮したキャッシュフロー管理が重要です。

不動産売却益を活用した節税対策5選

法人の不動産売却益は他の所得と合算されるため、同じ事業年度に損金を増やすことで課税所得を圧縮し、法人税等を軽減できます。

対策①：売却益と同じ期に退職金を支給して所得を圧縮

不動産の売却益が発生する事業年度に、役員や従業員の退職金を支給すれば、退職金は全額損金に算入されるため、売却益と相殺して課税所得を大幅に圧縮できます。

たとえば売却益3,000万円に対して退職金2,000万円を支給すれば、課税所得は1,000万円に抑えられます。退職金の受取側も退職所得控除と1/2課税により税負担が軽減されるため、双方にメリットがあります。

対策②：設備投資・新規不動産の購入で特別償却を活用

売却益が発生する事業年度に設備投資を行い、中小企業投資促進税制による30%の特別償却や7%の税額控除を活用する方法です。

また、新たに収益不動産を購入すれば、建物部分の減価償却費を損金に計上して売却益と相殺できます。

対策③：経営セーフティ共済の前納（年間最大240万円の損金算入）

経営セーフティ共済（中小企業倒産防止共済）の掛金は全額損金に算入できます。

月額最大20万円×12ヶ月＝年間最大240万円を損金にでき、さらに向こう1年分を前納することで最大480万円の損金算入が可能です。売却益の一部を圧縮する手段として有効です。

対策④：赤字の事業年度に合わせて売却する（損益通算の活用）

事業が赤字の年度に不動産を売却すれば、事業損失と売却益を損益通算して課税所得を圧縮できます。これは個人にはない法人ならではのメリットです。

売却のタイミングを調整できる場合は、赤字の事業年度に合わせる戦略が有効です。

対策⑤：欠損金の繰越控除を活用して翌期以降に相殺

過去の赤字（欠損金）が繰り越されている場合、不動産売却益が発生した事業年度に繰越欠損金を控除して課税所得を圧縮できます。

中小法人は所得の全額まで控除可能であるため、過去10年以内の欠損金があれば売却益の全額を相殺できる可能性もあります。

よくある質問（FAQ）

Q1. 法人が不動産を売却したときの法人税はいくらですか？

不動産の売却益（売却価格−帳簿価額−譲渡費用）が法人の他の事業所得と合算され、法人税等（実効税率約30〜34%）が課されます。売却益1,000万円であれば約300〜340万円の法人税等が目安です。

ただし、他の事業損失がある場合は損益通算により税額が下がります。

Q2. 法人と個人で不動産売却の税金はどう違いますか？

法人は「総合課税」で他の所得と合算し実効税率約30〜34%が適用されます。個人は「分離課税」で所有期間5年超なら20.315%、5年以下なら39.63%です。

法人は所有期間で税率が変わらず、損益通算が可能。個人は3,000万円特別控除等の特例が使える点が大きな違いです。

Q3. 法人は不動産の所有期間で税率が変わりますか？

変わりません。個人は所有期間5年超（長期20.315%）と5年以下（短期39.63%）で税率が約2倍異なりますが、法人は所有期間に関係なく実効税率約30〜34%が適用されます。

ただし、重課税制度（現在停止中）が復活すれば、所有期間に応じた追加課税が発生する可能性があります。

Q4. 法人の不動産売却で損益通算はできますか？

できます。法人は不動産の売却益を他の事業損失と損益通算できるため、赤字の事業年度に売却すれば税負担を大幅に圧縮できます。

個人は不動産の譲渡損を給与所得や事業所得と損益通算することは原則としてできません。

Q5. 建物を売却した場合の消費税はどうなりますか？

建物の売却は消費税の課税対象（10%）です。土地の売却は非課税です。免税事業者を除き、建物の売却に伴う消費税は売主である法人が国に納付します。

建物と土地を一括売却した場合は、合理的な方法で価格を按分し、建物部分にのみ消費税を計算します。

まとめ｜法人の不動産売却は「総合課税＋損益通算」が最大の特徴。売却タイミングと節税対策で税負担を最適化する

法人の不動産売却益は、個人と違って他の事業所得と合算して法人税等が課される「総合課税」です。所有期間による税率の優遇はありませんが、損益通算により赤字と相殺できるのが法人最大のメリットです。

最後に、法人の不動産売却における行動指針を整理します。

1. 帳簿価額を確認し、譲渡益の見込み額を把握する

建物は減価償却により簿価が低下しているため、売却価格が購入時より下がっていても譲渡益が出る場合があります。まず帳簿価額を確認し、見込まれる譲渡益の金額を把握してください。

2. 売却タイミングを決算期との関係で検討する

不動産売却益は計上される事業年度の所得に合算されます。他に大きな損失が予定されている事業年度に売却すれば損益通算で税負担を圧縮でき、逆に利益の大きい事業年度に売却すると税負担が増加します。

3. 節税対策を事前に計画する

退職金の支給、設備投資、経営セーフティ共済の前納など、売却益と同じ事業年度に損金を増やす対策を事前に計画してください。税理士と一緒にシミュレーションを行い、最も税負担の小さいタイミングと対策の組み合わせを選択しましょう。

※本記事の情報は2026年3月時点のものです。税率や特例措置は改正される可能性があるため、具体的な不動産売却の税務判断にあたっては最新の情報を確認し、税理士にご相談ください。